El Museu de la Mediterrània ofereix quatre propostes expositives diferents.

Una d'elles, són les sales on s'hi ubica l'exposició permanent del Museu de la Mediterrània

A més, el museu compte amb dos espais d'exposiciones temporals i un de semipermament:  

L’espai Baix Ter, una sala d'exposicions temporals relacionades amb la Mediterrània, el Montgrí, les illes Medes i el Baix Ter.

L’espai Montgrí, una sala d'exposicions temporals d'art contemporani. Actualment acull el cicle Cicle Camins Propers, que pretén donar visibilitat als creadors joves lligats a l'Empordà. 

L'espai Gimeno, una sala permanent dedicada a la figura del gran pintor català Francesc Gimeno sota la denominació: "Llegat Martínez-Solans. Francesc Gimeno, paisatgista del Montgrí". Aquest espai és possible gràcies a la donació del Sr. Francesc Izquierdo propietari del llegat del matrimoni Miquel Martínez i Pilar Solans.

Tot i la seva varietat i diversitat, sempre tenen com a fil comú la seva connexió amb el projecte museístic mediterrani del centre.